Il mezzo più comodo per arrivare in Sicilia è l'aereo, atterrando a Trapani o a Palermo, da dove è poi agevole raggiungere il porto di Trapani ed imbarcarsi per Favignana 

I collegamenti più frequenti sono con la città di Trapani mediante Aliscafi e Traghetti
ma è possibile raggiungere Favignana anche da Marsala.

Via mare:

in traghetto :
da Genova , Napoli e Livorno a Trapani o Palermo
dal porto di Trapani imbarco per Favignana con traghetti Siremar

in aliscafo:
Trapani - Favignana
(20 minuti) tutto l'anno
Siremar e Ustica Lines

Napoli - Favignana
(circa 6 ore) da giugno a settembre
Ustica Lines